Leki dostępne w aptece można podzielić na kilka grup. Jeden z podziałów dotyczy dostępności lekarstw, tutaj wyróżnia się produkty wydawane na receptę, te do zastrzeżonego stosowania (np. tylko w szpitalach czy specjalistycznych ośrodkach) oraz leki OTC (z ang. „over the counter”), czyli takie, dostępne bez recepty. Inny podział mówi o sposobie przygotowania określonego wyrobu medycznego. Odróżniamy leki gotowe, istniejące pod daną nazwą i w typowym opakowaniu, apteczne, czyli takie, które sporządza farmaceuta zgodnie z Farmakopeą (spis dopuszczonych leków) oraz recepturowe, które również są przygotowywane w aptece, jednak na podstawie recepty wypisanej przez lekarza.
Lekarstwa recepturowe są tworzone przy użyciu odpowiednich surowców farmaceutycznych w najróżniejszych formach – kapsułki, roztwory, czopki, maści czy krople. Zgodnie z przepisami każda nowa apteka jest zobowiązana do wyznaczenia pomieszczenia tzw. izby recepturowej, które będzie przeznaczone do przygotowywania tychże leków. Farmaceuci powinni zwracać szczególną uwagę na utrzymywanie w izbie czystości oraz odpowiednich warunków. Izba recepturowa musi być oddzielona od innych części apteki oraz wyposażona w sprawny system wentylacyjny i dobre oświetlenie. Niezwykle istotne jest zachowanie właściwej temperatury, wilgotności oraz jałowości w tym miejscu, ponieważ pozwala to zapobiec skażeniu lekarstw. Na wydanie leku recepturowego po otrzymaniu recepty farmaceuta ma dwie doby, natomiast w przypadku recept na „cito” czas ten wynosi tylko cztery godziny.
Nieprawidłowa temperatura czy wilgotność mogą powodować zmiany właściwości fizykochemicznych surowców, które są stosowane do wyrobu do leków recepturowych. Często skutkuje to zmienionym działaniem substancji czynnych, co z kolei stanowi niebezpieczeństwo dla zdrowia, a nawet życia pacjentów. W trosce o bezpieczeństwo osób korzystających z usług farmaceutycznych Ministerstwo Zdrowia wystosowało rozporządzenie o konieczności całodobowego kontrolowania temperatury oraz wilgotności na terenie aptek. Temperatura, w której powinno się przechowywać wyroby medyczne wynosi średnio 15 – 25°C. Szczepionki lub inne preparaty, które należy trzymać w profesjonalnych lodówkach aptecznych, wymagają niższej temperatury – od 2 do 8°C. Jeśli chodzi o wilgotność w aptece, to jej prawidłowa wartość wynosi pomiędzy 30 a 65%. Firma LAB-EL posiada w ofercie specjalne systemy monitorowania warunków w aptekach. Zawierają one zestawy czujników – termometrów (również lodówkowych) oraz higrometrów z możliwością automatycznego zapisu zebranych pomiarów oraz funkcją generowania alertów w przypadku przekroczenia pożądanych wartości kontrolowanych parametrów.